分解后极少量余渣富含有机质、NPK和微量元素，   由此将粪尿中可生物降解的有机物完全氧化为简略的无机物—H2OCO2NO3SO4-2PO4-3等；水分及其它气体直接蒸发排出。可回收为高效有机肥料。一同，包括着很多好氧微生物的高效生物活性填料可将粪尿中的臭气吸收转化，完结了对粪便的分解、脱臭、净化一体化处置。而粪尿中的大肠杆菌、寄生虫卵等有害病菌及杂菌在60℃以上高温条件下被杀死或被微生物群落所吞噬，然后完结平安卫生无害化。

对粪便进行生态处置净化。首要，生态厕所通过营建以格外驯化的高效复合微生物为主的微生物生态系统。微生物菌种释放出具有降解有机物功用的高蛋白酶，将大分子有机物降解为糖、脂肪酸和氨基酸等小分子有机物，微生物菌种以此为养分代谢出水、气体和生物热能，而其自身也以几何级数繁殖。